1994年4月6日凌晨，坦尚尼亞和平會談後，與會的盧安達總統哈比亞利馬納，其座機在歸國途中被不明飛彈擊落，機毀人亡。胡圖族激進分子藉機迅速掌控盧安達政府。4月7日，震驚世界的盧安達大屠殺開始。激進分子依照計劃開始殺害胡圖族溫和派政治人物和圖西族領袖，接下來試圖消滅整個圖西族。 據估計，在接下來的100天內，將近100萬人被屠殺，這堪稱世界上速度最快的大屠#殺。直到圖西人領導的軍隊贏得內戰並開始掌權，大屠殺才被制止。
在這場紛爭中，超過200萬人流離失所逃亡國外。剛果（舊扎伊爾）周邊35座難民營中，有384800名盧安達難民，另外還有150萬人淪為國內難民。